1937年，因抗战形势，学校西迁。11月底学校迁至永嘉。1938年8月，永嘉失守，学校迁至临海，并入浙江省立医药专科学校（原浙江医科大学前身）。原浙江省立杭州高级助产职业学校设置的助产科与护士科成为浙江省立医药专科学校的高级助产职业科与高级护士职业科。1939年8月，浙江省立医药专科学校并入浙江省立英士大学，后改组为浙江省立英士大学医学院。