杭州医学院是由原杭州医学院与浙江省医学科学院合并重组而来。原杭州医学院前身为创建于1925年的浙江省立女子产科学校，历经浙江省立杭州高级医事职业学校、浙江省杭州卫生学校、浙江省卫生学校、浙江医学高等专科学校，2014年浙江省人民医院成为学校直属附属医院，2016年学校升格为本科院校，更名为杭州医学院，正式迈入本科教育序列。

浙江省医学科学院前身为创建于1928年的杭州热带病研究所，历经浙江卫生实验院、浙江医学科学院、浙江人民卫生实验院、浙江医学研究院等，1987年更名为浙江省医学科学院。2005年4月12日，时任浙江省委书记习近平到浙江省医学科学院调研科技创新。

2019年，杭州医学院与浙江省医学科学院整体合并，组建新杭州医学院，实现医教研一体化跨越式发展。2025年是杭州医学院建校一百周年，更是贯彻落实习近平总书记重要指示精神的二十周年，杭医人始终奋发进取，走出一条高等医学教育跨越式发展的崭新路径。2026年，学校开启“十五五”新征程，向高水平应用型医科大学建设奋勇前进。