校徽创意来源于杭州医学院培养和造就具有诚信博爱、创新求真理念，德医双馨的高素质医学人才的崇高使命。
校徽中鹰羽状的卷叶构成柔和舒展且富于自然感的环形摇篮，似一只成长健康、振翅待飞的鹰充满憧憬，将飞向蓝天迎接新的征程。
校徽整体造型中的各元素及它们内在关联的构成，寓意一代代高素质的医学人才将在杭州医学院这所高等医学学府里茁壮成长，并从此面向现代化、面向未来、面向世界而展翅飞翔;阐释了杭州医学院培养高素质医学人才的崇高使命。
校徽采用的构图元素和色彩并由此构成的图形，线条流畅，与人亲和，有可及的自然质感;其清湛的蓝色似洋溢着睿智，凝聚着理性，稳健中透发出蓬勃的朝气，宁静里孕育着无限的希望，充分体现了医学院校的特点，她寄语于杭州医学院求真、博爱、创新、服务的精神。