学校加强应用型学科专业建设，以医学为主，理学和工学等多学科融通协同发展。公共卫生与预防医学为省一流学科（A类），临床医学、基础医学、药学、医学技术4个学科为省一流学科（B类），临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、免疫学、社会科学总论6个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学排名已达2.8395‰。有肿瘤科、普通外科学、泌尿外科、临床护理学等4个国家临床重点专科，有微创外科、生物医药等2个省级医学重点学科群。有基础医学、公共卫生与预防医学、药学3个一级学科硕士点，公共卫生、药学、生物与医药、医学技术4个专业学位硕士点。开设临床医学、口腔医学、预防医学、医学影像学、医学检验技术、药学、护理学等22个本科专业，其中国家级一流本科专业建设点3个（医学检验技术、药学、医学影像技术）、省级一流本科专业建设点4个（临床医学、护理学、口腔医学、预防医学）。存济口腔医学院产业学院、智能医学检验与大数据产业学院获批省级重点支持现代产业学院。现有国家级一流课程7门（药事管理学、临床分子生物学检验技术、药物化学、康复功能评定学、护理基础、临床生物化学检验、临床微生物学检验技术），省级一流课程137门。